Определить вашу проблему будет достаточно просто. Если вы утверждаете, что в багажнике все крепко держится, то можно выложить все содержимое, в том числе и мелочь (ключи, домкрат, аптечку, огнетушитель и т.д.), то есть чтоб там было пусто. Проехать по неровной дороге на небольшой скорости, прислушиваться к стукам, если без изменений то делаем следующее. В багажном отделение мы ничего не складываем, а наоборот, вытягиваем запаску, возможно там шток, который притягивает колесо, именно он дает вибрацию и снова в путь. Если в этот раз не получилось, то приглашаем кого-то из родственников в качестве пассажира и снова едите с пустым багажником. Во время движения пассажир будет определять, где идет стук, трение…. Возможные места, куда Вам следует обратить внимание в первую очередь: задняя полочка, замок багажника, плотное прижатие сидений задних хорошо бы проверить, обшивка карты дверей (уверен именно она у вас и стучит). Очень часто из-за перепада температуры как сейчас, пластик сжимается и начинает о себе давать. Достаточно будет разобрать карту двери и пройти как минимум антискрипом и все проблемы уйдут. Для этого снимаем обшивку, и по краям проходим антискрипом, вероятность шумов в вашем случае это 90 %. Если интересует, как это делается, могу подробно описать. Успехов!